Ronald Palacios Castrillo
Los autores Brand y colaboradores ( November 23, 2023.N Engl J Med 2023; 389:2014-2016 DOI: 10.1056/NEJMc2216144) describen un método de detección prenatal no invasivo que implica un estudio de la variación de la secuencia en todo el exoma fetal utilizando DNA libre de células obtenido de una extracción de sangre materna.
La Figura 1 de la correspondencia ilustra el flujo de trabajo para la detección no invasiva del exoma fetal con pruebas prenatales no invasivas de alta resolución.
El panel A muestra el proceso para extraer DNA libre de células (cfDNA) del plasma materno seguido de la captura del exoma. Generamos 51 bibliotecas en todas las edades gestacionales y calculamos la fracción fetal (cfDNA fetal ÷ cfDNA total) en cada muestra.
En el diagrama de caja y bigotes de la derecha, para cada trimestre, la línea horizontal en negrita indica la mediana, el cuadro el rango intercuartil y los círculos son puntos de datos individuales; los bigotes indican los valores mínimo y máximo dentro del rango (definido restando 1,5 veces el rango intercuartil del primer cuartil y sumando el mismo valor al tercer cuartil).
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El panel B destaca los métodos para detectar variantes novedosas que se desarrollaron para tener en cuenta la fracción fetal y muestra las fracciones de alelos únicas correspondientes en cada sitio según las combinaciones de genotipos maternos y fetales presentes en el cfDNA.
Cada grupo representa una combinación única de genotipo materno-fetal. Los grupos se colorean según los genotipos generados a partir de la secuenciación directa del exoma del DNA materno y fetal.
Estos datos resaltan la fusión de grupos en sitios heterocigotos en la madre con menor cobertura y fracción fetal y las variantes de novo y derivadas paternas claramente resueltas (fetal 0/1; materna 0/0) independientemente de la fracción fetal.
El panel C describe una aplicación de prueba de principio de detección fetal no invasiva (NIFS) de alta resolución a 14 embarazos referidos para probar variantes invasivas y representativas de interés clínico, incluida una variante de empalme probablemente patógena en COL2A1 (NC_000012.12:g. 47982610C →T) en un feto con micrognatia compatible con síndrome de Stickler autosómico dominante tipo 1, una deleción patogénica de 4 MB en el cromosoma 7 (NC_000007.14:g.155368937-159327017del) en un feto con múltiples anomalías congénitas y portador de HAP. variante (NC_000012.12:g.102866632C→T) que se asocia con riesgo de fenilcetonuria. Todas las variantes fueron validadas ortogonalmente. WES denota secuenciación del exoma completo.